Após uma espera de sete meses, Pepê finalmente marcou um golo pelo FC Porto. O avançado brasileiro contribuiu com o último golo da equipa no empate 4-4, na madrugada de terça-feira, que resultou na eliminação da formação portuguesa no Mundial de clubes.
Depois de não ter jogado na derrota por 1-2 contra o Inter Miami, na 2.ª jornada do Grupo A, Martín Anselmi decidiu lançar Pepê na segunda parte, substituindo William Gomes aos 69 minutos. A sua entrada não foi auspiciosa, com algumas perdas de posse, que afetaram a equipa, mas foi Pepê quem conseguiu o empate aos 89 minutos, com um remate de fora da área que o experiente guarda-redes Mohamed El Shenawy não conseguiu ver.
Para encontrar o último golo de Pepê antes do confronto com a equipa egípcia, era necessário recuar a 24 de novembro de 2024, na eliminação da equipa na quarta ronda da Taça de Portugal, contra o Moreirense. Ele marcou o golo da equipa, que perdeu por 2-1 no Estádio Comendador Joaquim de Almeida Freitas.
A temporada de Pepê no FC Porto tem sido complicada, marcada por problemas fora de campo, incluindo uma discussão com o antigo treinador, Vitor Bruno, que resultou no seu afastamento temporário da equipa.
Para encontrar a sua última assistência num golo da equipa na temporada 2024/25, é necessário recuar seis meses, quando ajudou Samu a marcar o segundo golo, na vitória por 2-0 contra o Midtjylland, na Liga Europa.
Ao longo da temporada 2024/25, Pepê conseguiu marcar seis golos: incluindo um na vitória por 4-0 contra o Estoril em casa, no 2-1 contra o SC Braga também em casa, no empate 3-3 com o Manchester United no Dragão na Liga Europa, e num triunfo fora contra o Vitória de Guimarães por 3-0 na 6.ª jornada da I Liga.
Além dos seis golos, o jogador também conseguiu quatro assistências (Casa Pia AC, AFS SAD, Manchester United e Midtjylland) em 45 partidas, totalizando 2778 minutos de jogo. Estes números são bastante insatisfatórios para um jogador que tem jogado como extremo ou a segundo avançado no FC Porto.
Na sua temporada de estreia no FC Porto, Pepê marcou seis golos e fez cinco assistências em 42 jogos. A sua performance melhorou em 2022/23, com cinco golos e dez assistências em 55 jogos, e foi ainda mais destacada em 2023/24, com oito golos e nove assistências em 50 jogos.
O jogador brasileiro de 28 anos ainda não conseguiu corresponder às expetativas que se tinham em relação à sua carreira, nem justificar o investimento de 15 milhões de euros feito pelo FC Porto na sua transferência.
