Rui Pedroto é licenciado em Direito pela Faculdade de Direito da Universidade de Coimbra, formando-se em 1984. Além disso, complementou a sua formação académica com estudos em Direção de Empresas, Administração Pública e Estratégia Empresarial.
O percurso profissional incluiu atuação como advogado, especializando-se nas áreas de direito civil, comercial e laboral. Posteriormente, ele dedicou-se ao setor empresarial e a organizações. Entre suas experiências, destaca-se o trabalho como técnico de Recursos Humanos na Aliança Seguradora e na área imobiliária do Grupo SONAE.
Desde 1993, Rui Pedroto está associado ao Grupo Mota-Engil, onde inicialmente ocupou o cargo de Diretor de Recursos Humanos e, posteriormente, liderou a Direção de Responsabilidade Social Corporativa e Sustentabilidade. Ele também desempenhou funções como diretor do Centro Distrital da Segurança Social do Porto entre 2002 e 2005.
Além disso, Rui Pedroto é o atual presidente da Comissão Executiva da Fundação Manuel António da Mota, uma instituição dedicada ao desenvolvimento e apoio a iniciativas sociais, educativas, culturais e científicas. O seu papel é fundamental na criação da Fundação FC Porto, um projeto liderado por André Villas-Boas com o objetivo de aumentar o impacto social e comunitário do clube.