E em casa eram absolutamente temíveis.O Panathinaikos era por esses anos um cliente habitual na Champions. Uma equipa forte que tinha uma base da Geração da Grécia Campeã da Europa 2004. Em 00/01 atingiram a Segunda Fase de Grupos (equivalente hoje em dia aos Oitavos) e em 01/02 chegaram aos Quartos da Champions. Era um forte candidato à Final da Taça UEFA quando os apanhamos nos Quartos em 02/03.